Inkubationsperioden (den tid, der går, fra dyret bliver smittet, til det viser tegn på sygdom) er normalt 3-7 dage (varierende fra 1 til 14 dage). Det kliniske forløb kan variere lige fra perakut til kronisk.
Den perakutte form er karakteriseret ved pludselig optræden og hurtig dødelig udgang. Vaklende gang, gispen, rystelser, kollaps og få krampetrækninger er de symptomer, der kan ses uden andre forudgående kliniske symptomer, før døden indtræder.
Den akutte form af miltbrand hos kvæg og får er karakteriseret ved hurtig stigning i legemstemperatur (41,5°C) og en periode med uro, efterfulgt af depression, sløvhed, respiratoriske og/eller kredsløbsproblemer, vaklen, kramper og død. Ved indtræden af feber vil drøvtyggerfunktionen ophøre og mælkeproduktionen falde, og drægtige dyr kan eventuelt kaste. Der kan ses blødninger fra legemsåbninger.
Kronisk infektion er karakteriseret ved lokale og ødematøse hævelser under huden, der kan være ret omfattende. De ses hyppigst i nakken, på brystet eller ved skuldrene.
Miltbrand hos heste er akut forløbende, og dyrene dør oftest efter 2-3 dage. Symptomerne er feber, kulderystelser, voldsom kolik, ophørt ædelyst, sløvhed og blodig diarré. Der optræder ødemer i de laveste dele af hesten (hals, bug, kønsorganer).
Svin er mindre følsomme overfor miltbrand, og her ses, at enkelte svin i en flok dør uden forudgående symptomer, mens andre udvikler hævelser i svælgregionen, der kan medføre kvælning. Mange grise i en flok vil imidlertid udvikle en mild kronisk form og overleve. Ved slagtning kan der imidlertid ses tegn på miltbrand i hals-lymfeknuderne.
Miltbrand i tarmene er sjældent diagnosticeret og er karakteriseret ved et uspecifikt klinisk forløb med ophørt ædelyst, brækninger, diarré (kan være blodig) eller forstoppelse.
Miltbrand hos hunde, katte og vilde rovdyr har de samme kliniske symptomer som beskrevet for svin, og vilde planteædere antages at have et forløb som beskrevet for kreaturer.
Efter død mangler dødsstivheden ofte eller er ufuldstændig. Mørkt blod kan sive fra mund, næse eller anus fra et oppustet kadaver, der hurtigt går i forrådnelse. Hvis kadaveret uforvarende bliver åbnet, kan man se tydelige tegn på blodforgiftning. Blodet er mørkt og tykt og koagulerer hurtigt. Blødninger ses på slimhinder i brysthulen og bughulen samt på hjertet. Ødematøse blodudtrædninger ses normalt under overfladen på alle organer, i muskler og under huden. En kraftigt forstørret, mørkerød eller sort, blød halvflydende milt er typisk. Lever, nyre og lymfeknuder er forstørrede og blodfyldte.