Husdyrsygdommene bekæmpes på forskellig måde afhængig af, hvor alvorlige sygdommene er. De alvorligste sygdomme bekæmpes ved af aflive smittede dyr. Mindre alvorlige sygdomme bekæmpes ved at forhindre smittespredning og andre relevante tiltag. Bekæmpelsen sker af flere årsager, herunder af hensyn til dyrenes velfærd, fødevaresikkerheden, for at reducere risikoen for smitte af mennesker, for at opretholde eksporten af fødevarer og for at forbedre landmændenes produktionsøkonomi.
Nogle af de alvorligste sygdomme er mund- og klovesyge, svinepest, fugleinfluenza og Newcastle disease hos fjerkræ.
De danske husdyrbestande bliver i det daglige overvåget for tegn på sygdomme, og der er hos besætningsejere og dyrlæger fokus på forebyggelse.

