Landbrugsstyrelsen administrerer og kontrollerer reglerne for den økologiske landbrugsproduktion og de tilhørende forsyningsvirksomheder.
Fødevarestyrelsen, herunder de lokale kontrolenheder, administrerer og kontrollerer reglerne om økologisk akvakultur samt reglerne om forarbejdning og forhandling af økologiske fødevarer.