I artikel 19 og bilag IX kapitel II til gennemførelsesforordningen fastlægges krav til håndteringsanlæg for animalske biprodukter. Der er blandt andet krav til beliggenhed, indretning, personalefaciliteter, rengøring og desinficering.
Det er vigtigt at undgå krydskontaminering af de respektive kategorier. Dette gøres ved hjælp af egenkontrol og procedurer, som sikrer en fysisk adskillelse ved alle processer på anlægget.