Foder skal opbevares hensigtsmæssigt. Virksomheden skal derfor beskytte foderet mod forveksling og mod forringelse efter modtagelse eller produktion. Foderhygiejnereglerne tager sigte på fodersik-kerheden og på, at foderet bliver oplagret og håndteret hygiejnisk forsvarligt. Foderlægemiddelfor-ordningen stiller supplerende krav til opbevaring af veterinære lægemidler, mellemprodukter og foderlægemidler. Korrekt opbevaring er også grundlag for, at virksomheder kan sikre sporbarhed af foderet.