Mykotoksiner er giftstoffer, som produceres af forskellige svampearter, der kan vokse på landbrugsafgrøder. Nogle mykotoksiner dannes i afgrøden, når denne står på marken, mens andre først dannes ved lagring. Dannelsen af mykotoksiner er afhængig af temperatur, fugtighed og klima og varierer over både tid og sted.
De mykotoksiner der i kontrolsammenhæng særligt fokuseres på herhjemme i forbindelse med foder, er aflatoksin B1 og meldrøjer, som er reguleret som uønskede stoffer. Andre mykotoksiner kan dog også udgøre en risiko i foder. For visse mykotoksiner, som ikke er regulerede i direktivet om uønskede stoffer, er der fastsat vejledende grænseværdier for nogle af mykotoksinerne og vejledende niveauer for andre mykotoksiner.
Direktivet om uønskede stoffer bilag I, del II