Egenkontrolprogrammet for dyrevelfærd skal indeholde en beskrivelse af, hvordan landmanden sikrer, at den gældende lovgivning for dyrevelfærd bliver overholdt i besætningen. Programmet skal også indeholde dokumentation for, at kravene til registreringer af besætningen er opfyldt.
Samtidig med kravet om obligatorisk sundhedsrådgivning i større kvæg- og svinebesætninger skal landmanden også føre egenkontrol med dyrevelfærden i sin besætning.
Egenkontrol af dyrevelfærd er en vigtig del af den fælles ordning, som sammen med obligatoriske sundhedsrådgivningsaftaler blev indført af Fødevarestyrelsen og Justitsministeriet for større kvæg- og svinebesætninger pr. 1. juli 2010.