Definitionen omfatter ikke stoffer, der betragtes som næringsstoffer.
Nogle bioaktive stoffer kan have sundhedsfremmende effekter i nogle doser og være toksiske i andre doser. De mulige sundhedsfremmende stoffer omtales ikke yderligere her.
De naturlige giftstoffer
Naturlige giftstoffer i vores mad omfatter både naturlige indholdsstoffer i fødevareplanter, og stoffer som mykotoksiner, der dannes af visse skimmelsvampe samt algetoksiner. Nogle af stofferne har langtidsvirkninger, og kan være kræftfremkaldende, mens andre giver akutte forgiftninger.
Mange giftstoffer i fødevarer er naturligt forekommende indholdsstoffer i planter, spisesvampe eller fisk. Andre stoffer dannes ved forkerte opbevaringsforhold f.eks. histamin i tun og mykotoksiner i cerealier. Algetoksiner kan optages af muslinger, og kan derved blive et problem for menneskers sundhed.
Sundhedsmæssig vurdering
For størstedelen af de naturlige giftstoffer er deres betydning for fødevaresikkerheden utilstrækkeligt belyst. Man kan således ikke give en samlet karakteristik af de sundhedsmæssige effekter ved indtag, men på de følgende sider gives der råd og vejledning omkring specifikke naturlige giftstoffer.
Det er ligeledes problematisk at vurdere effekten af indtaget, når stofferne findes i specialfødevarer, som fx maniok, som kun indtages af en begrænset del af befolkningen.
Tilberedning og mængder
Gennem sin udviklingshistorie har mennesker forsøgt sig frem og udvalgt det, de kunne spise uden at komme galt af sted. I nogle tilfælde er der tilberedningsmetoder, der reducerer indholdet af giftstoffer, i andre tilfælde er det et spørgsmål om hvor store mængder, man indtager af den pågældende fødevare.
For nogle stoffer har myndighederne også fastsat grænseværdier for indholdet i fødevarer f.eks. for nitrat i salat og spinat og for nogle mykotoksiner. I andre tilfælde giver man råd fx om rigtig tilberedning af bønner.
Flere af de naturlige toksiner i fødevareplanter er desuden omfatter af regler og vejledning under områderne Novel Food, aromaer og kosttilskud.