Husdyrsygdommene bekæmpes af hensyn til dyrenes velfærd og fødevaresikkerheden, for at undgå faren for smitte af mennesker, opretholde eksporten af fødevarer eller for at forbedre landmændenes produktionsøkonomi.
Nogle af de vigtigste sygdomme er mund- og klovesyge, svinepest, fugleinfluenza og newcastle disease hos fjerkræ.
I fredstid bliver husdyrbestanden overvåget for tegn på sygdomme og der bliver lagt vægt på forebyggelse.
Kriseberedskab ved udbrud
Ved udbrud bliver der iværksat et kriseberedskab og der gennemføres en lang række kontrolforanstaltninger for at bekæmpe sygdommen og standse smittespredning i alle led af produktionen fra jord til bord.
Kontrolforanstaltningerne omfatter blandt andet forbud mod flytning af dyr og fødevarer i dele af eller hele landet, desinfektion og smittebeskyttelse på landbrug og i fødevarevirksomheder, nedslagning af smittede dyrebesætninger og vaccination af husdyr.
Beredskab under udbygning
Det veterinære beredskab er under modernisering og ressourcemæsig udbygning med henblik på at kunne håndtere kriser af samme omfang som dem, der er set i andre europæiske lande de seneste år - fx udbruddet af mund- og klovesyge i UK i 2001 og udbruddet af fugleinfluenza i Holland i 2003.
Beredskabsplaner og beredskabsøvelser
To vigtige redskaber for det veterinære beredskab er beredskabsplaner og beredskabsøvelser.
Beredskabsplanerne indeholder en overordnet strategi- og ressourceplan, samt operationelle manualer for bekæmpelse af de enkelte husdyrsygdomme.
Beredskabsøvelser bliver afholdt med jævne mellerum for at træne personalet i Fødevarestyrelsen og relevante samarbejdspartnere, samt for at teste beredskabsplanerne.